支原体主要存在于人和动物的腔道粘膜。支原体生殖道感染与非淋菌性尿道炎 或宫颈炎有关，此外可引起前列腺炎、附睾炎、输卵管炎、流产、死产和不育症等。能引起人类非淋菌性尿道炎的主要有解脲支原体、人型支原体、生殖支原体。在正常人的泌尿生殖道中也可能有支原体寄生。
衣原体：专性细胞内寄生，并有近似的细胞壁结构，含DNA、RNA及核蛋白体，具有独特生活周期的原核细胞型微生物。

衣原体的发育周期分为原体和始体两个阶段。原体具有传染性，可在宿主细胞外存活，始体仅存在于细胞内无传染性。能引起人类非淋菌性尿道炎的主要有沙眼衣原体。